Gli ultimi dieci anni del Novecento sono stati quelli che hanno visto la Cerrese protagonista in diversi incontri di calcio che poi hanno fatto anche un po’ la storia calcistica di questo paese. Dopo aver disputato l’ultimo campionato di promozione con la FIGC della Campania, l’anno dopo riesce ad avere l’autonomia calcistica e inizia da subito il suo percorso nella categoria più alta del Molise: l’Eccellenza. Sono 10 anni di soddisfazioni per tutto il calcio dell’alta valle del Volturno.
Nel campionato di promozione 1991-1992 la Cerrese si classifica al settimo posto con il migliore attacco dopo la F.C. Campobasso e U.S. Petacciato – 47 gol realizzati. Non essendoci retrocessioni le squadre passano tutte in Eccellenza e la Cerrese perde le prime partite del campionato per una scelta sbagliata fatta sul portiere(nella prima partita a Campomarino prende una sonora sconfitta e tante altre) e retrocede, ma si rifà l’anno dopo andando a vincere il campionato 1993.94 per ritornare alla massima divisione del calcio Molisano. Rimane per due stagioni in Eccellenza per poi finire il decennio tra la Promozione e la Prima categoria. Rimane nella storia la partita con il Campobasso del 15 settembre 1991, la vittoria del campionato di promozione 1993/94 e il sesto posto sia nel campionato di Eccellenza 94/95 e sia in quello del 95/96.
